การถอดรหัสจีโนม Proteus mirabilis ทางคลินิก 17 ไอโซเลตจากโรงพยาบาลในจังหวัดนราธิวาสพบความหลากหลายทางพันธุกรรมและยีนดื้อยาหลายชนิด แม้ส่วนใหญ่ยังไวต่อยาที่ทดสอบ มี qnrD1 อยู่บน contig ที่สัมพันธ์กับ Col3M ใน 2 ไอโซเลต ชี้ความเป็นไปได้ขององค์ประกอบพันธุกรรมเคลื่อนที่ แต่จำนวนตัวอย่างเล็กและยังไม่พิสูจน์การถ่ายทอดจริง
ข้อค้นพบสำคัญ
- ส่วนใหญ่ไวต่อยาทั้งหมดที่ทดสอบ เชื้อ KS160 ดื้อต่อ ceftriaxone, ciprofloxacin และ levofloxacin ส่วน KS044 ดื้อต่อ ciprofloxacin และ levofloxacin พบยีน AMR ไม่ซ้ำ 50 ยีน และ contigs ที่สัมพันธ์กับ IncQ1 กับ Col3M โดย qnrD1 อยู่บน contig คล้ายกันใน 2 ไอโซเลต ทุกไอโซเลตยืนยันเป็น P. mirabilis และ KS155 แตกต่างมากที่สุดด้วย ANI 96-97% เมื่อเทียบกลุ่มอื่น
ทำไมจึงมีความสำคัญระดับโลก
ข้อมูลช่วยกำหนดเป้าหมายเฝ้าระวังเชิงจีโนมและเชื่อม genotype กับ phenotype ในพื้นที่ชายแดนใต้ แต่ยังไม่ใช่ค่าความชุกหรือภาพแทนระดับจังหวัดและประเทศ
บทบาทของนักวิจัยไทย
นักวิจัยมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ร่วมกับบุคลากรโรงพยาบาลนราธิวาสราชนครินทร์เชื่อมตัวอย่างทางคลินิกในพื้นที่กับการวิเคราะห์จีโนมและโรคติดเชื้อ
ข้อจำกัดที่ควรรู้
มีเพียง 17 ไอโซเลตจากสถานพยาบาลจำกัด ไม่ระบุกรอบสุ่มหรือระยะเวลาครบถ้วนในบทคัดย่อ การพบยีนไม่เท่ากับการแสดงออกหรือดื้อยา และ short-read contig ที่สัมพันธ์กับ plasmid ไม่ยืนยันตำแหน่งบนพลาสมิด การถ่ายทอด หรือการระบาด ต้องใช้ long-read sequencing และข้อมูลผู้ป่วย-เวลา-สถานที่เพิ่มเติม